平成19年4月1日より前に設立された
出資持分の定めのある医療法人の場合、
妻子も出資をする事により、
財産の移転ができる。
医療法人に留保された利益は、解散時、
出資持分に応じて分配されるので、
財産の移転ができる。

平成19年4月1日以後設立認可された
医療法人の場合、
解散時、医療法人に留保された利益は、
原則として国、地方公共団体等に寄付する。

法人の場合、理事長はじめ役員が
給与をもらうので、
その給与が法人の経費になり、
その上、個人が受取った給与は給与所得控除
（必要経費の性格）を受けられる。
又、診療所の業務に携わりながら、
非常勤の為、専従者になれなかった家族が、
法人から給与をとることができる。

認可申請をはじめ、手続きが煩雑で費用もかかる。
認可後も申請、届出事項があり、
毎決算期に純資産登記をし、届出をする。

個人医院の院長先生が勇退しても
退職金を受取る事はできないが、
医療法人の理事長、理事の退職の時、
退職金をとることができる。
又、受け取った退職金は
税制上大変有利な取り扱いになっている。

法人は社会保険に強制加入となり、
保険料を負担する事になる。

損金に落せる経費の幅が、個人より広がる。
例えば、生命保険は、個人の場合
最高10万円の控除だが、
法人は契約内容により、
全額経費にすることができる。
又、理事長個人から法人が借りている
診療所の家賃を、理事長に支払う事ができる。

消費税は、前々事業年度の課税売上が
1,000万円以上あると申告が必要になるが、
出資金が1,000万円以上の場合、
それにかかわらず、設立後2期、
消費税の申告が必要。
労災、自賠責等以外の自由診療、
物品代金等の収入について、
消費税の申告が必要となる。